Entre las novedades de esta edición para 3DS, está la posibilidad de encarar al mismísimo y misterioso legendario Celebi cuando acabemos el juego en un evento especial. Por lo demás, tendremos la posibilidad de usar el Banco Pokémon para pasar Pokémon de las primeras generaciones a las más recientes, como son Pokémon Ultrasol y Ultraluna.
Tampoco será necesario el cable link para intercambiar Pokémon o combatir con nuestros colegas, pues se aprovechará el sistema de comunicación inalámbrico de la Nintendo 3DS para estos fines. Incluso, usando la Cápsula del Tiempo, cabe la posibilidad de enfrentarnos o intercambiar Pokémon con ediciones antiguas que estén también disponibles para 3DS.
Finalmente, el mismo día del lanzamiento de Pokémon Cristal para la 3DS llegará la New Nintendo 2DS XL: Edición Pikachu. Esta consola incluirá una tarjeta microSD de 4 GB de memoria, así como un adaptador de corriente para la Nintendo 3DS.